Jüngste Berechnungen der Kosten des Gedenkkomplexes durch den Architekten Michael Arad und den Landschaftsarchitekten Peter Walker haben gezeigt, dass dies die staatlichen und privaten Sponsoren 1 Milliarde US-Dollar kosten wird. Danach forderten der New Yorker Bürgermeister Michael Bloomberg und der New Yorker Gouverneur George Pataky die Autoren auf, das Projekt so zu wiederholen, dass das Nettovermögen des Denkmals nicht mehr als 500 Millionen US-Dollar betrug.
Nach einer beschleunigten Überarbeitung wurde der Öffentlichkeit eine neue Version vorgestellt, die sich erheblich von der Version unterscheidet, die im Januar 2004 den internationalen Wettbewerb gewonnen hat.
Da die Kosten für die Umsetzung jedoch etwa 510 Millionen betragen werden (der Gesamtbetrag zusammen mit den Kosten für den Bau und Betrieb von Infrastruktureinrichtungen - 672 Millionen), haben die Behörden und das Fundraising-Komitee die Änderungen in der Projektphilosophie ignoriert.
In dem neuen Projekt wurden unterirdische Galerien zerstört, durch die Besucher zu Teichen gelangen sollten, die weit unter dem Straßenniveau liegen und in die die Namen von 2.979 Opfern der Terroranschläge von 1993 und 2001 eingraviert werden sollten. Jetzt sind diese Namen auf den Brüstungen derselben Teiche eingraviert, jedoch auf Straßenniveau. So wurde der Ort der Reflexion über die Fragilität des menschlichen Lebens von einer ruhigen unterirdischen Halle auf einen belebten Stadtplatz verlegt, entlang dessen Büroangestellte in den WTC-Türmen, Touristen und Käufer der dort befindlichen Geschäfte huschen werden. Darüber hinaus werden die Stauseen an der Stelle der Zwillingstürme neben den breiten Straßen der Stadt angeordnet, in denen immer viel Verkehr herrscht. Es sollte auch berücksichtigt werden, dass der Bau anderer WTC-Anlagen laut sein wird, was mindestens weitere zehn Jahre dauern wird.
Das Problem der Brüstung hat die Angehörigen der Opfer bereits beunruhigt: Viele Besucher werden sich ihrer Meinung nach auf die Namen der am Bordstein eingravierten Opfer stützen, um zu sehen, wie die Wasserfälle in die darunter liegenden Teiche fallen.
Nach dem Besuch der Gedenkstätten im Erdgeschoss wird die Öffentlichkeit nun zum Besucherzentrum und von dort zum unterirdischen Museum geleitet (nach einer früheren Idee war es nach Betrachtung der unterirdischen Gedenkhalle notwendig, sich wieder an die Oberfläche zu erheben und in ein separates kleines Museum gehen). Die Hauptsache des Komplexes war also nicht die Erinnerung an die Opfer, sondern die Ausstellung verschiedener Artefakte, die mit den Zwillingstürmen verbunden sind: die Überreste eines Stahlrahmens, Feuerwehrautos und eines Teils des Fundaments.
