Der Museumskomplex ist ein rekonstruiertes Kraftwerk des frühen 20. Jahrhunderts, eine Ziegelkonstruktion mit neoklassizistischer Stuckdekoration, in die die für Libeskind charakteristischen kristallinen Formen eingebettet sind. Von außen lesen sie sich wie kubische und langgestreckte blaue Edelstahlvolumina, die aus den Fußböden des Gebäudes herausragen. Sie bestehen aus zwei Buchstaben des hebräischen Alphabets - "Hut" und "Jod" -, die zusammen das Motto von Libeskinds Projekt L'Chaim bilden, was "zum Leben" bedeutet. Sie sind jedoch nur lesbar, wenn Sie das Gebäude von oben betrachten, das für den durchschnittlichen Besucher des Museums nicht zugänglich ist.
In der Lobby des Museums ist die Wand gegenüber dem Eingang mit hervorgehobenen Relieflinien ausgekleidet, die das Wort "pardes" bilden, was "Garten Eden" bedeutet und auch die vier Ebenen des Verständnisses der Tora symbolisiert. Dieses Element des Projekts wird jedoch auch aufgrund der scharfen Biegungen im Lobbybereich nur schwer wahrgenommen.
Auf der Hauptstraße - der ersten Etage des Komplexes - gibt es auch ein Auditorium (an dessen Decke eine Karte des Heiligen Landes abstrakt dargestellt ist), ein Bildungszentrum und Galerien. Im zweiten Stock befinden sich Verwaltungsräume sowie eine gleichnamige Ausstellungshalle, die in einen riesigen Würfel mit dem Buchstaben "Jod" eingeschrieben ist und durch 36 polygonale Fenster beleuchtet wird.
Libeskind selbst betont den Unterschied zwischen dem Gebäude in San Francisco und seinen jüdischen Museen in der Alten Welt: Das kalifornische Gebäude hat nicht den Stempel der Holocaust-Katastrophe, die in seinen europäischen Projekten unbedingt vorhanden sein muss. Trotzdem ist die Sprache der Architektur von Libeskind dieselbe geblieben: Die scharfen, unterbrochenen Linien, die zuvor die historische Tragödie symbolisierten, sollten jetzt die "Himmelsstände" einer blühenden jüdischen Diaspora an der Pazifikküste darstellen.
