Das Programm zur Restaurierung des Schiffes und zur Schaffung eines Museums, das vom Fondsinhaber des Clippers in Zusammenarbeit mit dem Architekten Nicholas Grimshaw entwickelt wurde, sollte in diesem Jahr abgeschlossen werden. Im Mai 2007 wurde die Cutty Sark jedoch durch einen Brand schwer beschädigt, sodass ihre Öffnung für Besucher auf 2010 verschoben wird. Gleichzeitig werden die Arbeiten zur Restaurierung des Schiffes und zur Schaffung einer neuen Museumsstruktur fortgesetzt. Es soll seinen Rumpf an Kabeln aufhängen und auf Höhe seiner Wasserlinie eine Glasdecke installieren, die das Trockendock überlappt, in dem sich das Schiff seit 1954 befindet - als es in Greenwich angedockt wurde. So entsteht unter dem Cutty Sark ein neuer Ausstellungsraum, der auch das Holz der Clipper-Haut schützt: Im offenen Dock wurde das Schiff durch verrottende Bakterien erheblich beschädigt und seine Metallteile mit Rost bedeckt.
Der Brand im letzten Jahr wurde zu einem ernsthaften Hindernis für die Umsetzung des Projekts: Aufgrund dessen erhöhte sich das Programmbudget, das 25 Millionen Pfund betrug, zunächst um weitere 10 Millionen Unvorhergesehene.
Dank einer Spende von £ 3,3 Mio. des israelischen Philanthropen Sammi Ofer, der während des Zweiten Weltkriegs bei der britischen Marine diente, werden das Schiff und das Museum im Frühjahr 2010 wiedereröffnet.
Ofer spendete außerdem 20 Millionen Pfund an das National Maritime Museum in Greenwich für den Bau eines neuen Flügels.
