Das Sanierungsprojekt wurde von den Spaniern Cruz y Ortiz gesponsert, die Ausstellung von Jean-Michel Wilmotte entworfen und die Restaurierung von Van Hoogevest Architecten durchgeführt. Die Aufgabe der Architekten bestand darin, das sperrige Gebäude im Mainstream des Eklektizismus, das 1885 von Petrus (Pierre) Kuypers erbaut wurde, an die Bedürfnisse eines Museums des 21. Jahrhunderts anzupassen. Üppige Innenräume lenkten die Aufmerksamkeit von den Exponaten ab, es gab nicht genügend Platz für beide Ausstellungen und das dazugehörige Programm, es war unmöglich, die Dauerausstellung nach einem einzigen System zu ordnen und so weiter.
Jetzt sind alle Exponate des 12. bis 20. Jahrhunderts in einer strengen chronologischen Reihenfolge nach Fußböden von unten nach oben angeordnet, und die Chronologie wird durch ein Farbschema unterstützt: Die Farbe an den Wänden wird allmählich heller, wenn sie sich nach oben bewegt und fast erreicht Weiß in den Hallen der modernen Kunst. Gleichzeitig wurden alle Werke neu arrangiert, mit Ausnahme der wichtigsten - "Nachtwache" von Rembrandt, die an ihren früheren Platz in der "Ehrengalerie" zurückkehrte, wo die Werke des Goldenen Das Zeitalter der niederländischen Kunst wird ausgestellt.
Die Architekten blockierten nach dem bereits im Museumsbau festgelegten Schema zwei Innenhöfe des Gebäudes mit Glasdächern und vertieften sie auf das Niveau des -1-Stockwerks, nachdem sie zuvor die späteren Erweiterungen entfernt hatten, die sie besetzten. Dann stellten sie ein Auditorium unter einen Hof und einen Museumsladen und ein Café unter den anderen. Die Innenhöfe selbst haben sich in geräumige öffentliche Räume verwandelt, die auch ohne Ticketkauf zugänglich sind. Ihre Wände bilden die Innenhoffassaden des Museums, und die neuen Oberflächen sind mit hellem Stein verkleidet. Antonio Cruz und Antonio Ortiz berücksichtigten den Fehler von Norman Foster, in dessen Innenhof des British Museum Geräusche deutlich hörbar sind und sogar widerhallen. Im Rijksmuseum werden Geräusche durch weiße Gitter mit schallabsorbierendem Material an den Decken gedämpft.
Das Hauptproblem für die Architekten war jedoch die Vereinigung der beiden Innenhöfe zu einem Ganzen. Das historische Gebäude verfügt über einen Fußgänger- und Radfahrerkorridor in der Mitte der Fassade, der einen schnellen Durchgang durch das Gebäude ermöglicht. Das Wiederaufbauprojekt sah vor, es in den Haupteingang des Museums zu verwandeln, der beide Innenhöfe vereint, aber die Bürger rebellierten, und jetzt ist der Korridor in seiner ursprünglichen Form erhalten, das Museum kann über vier kleine Eingänge erreicht werden, und ein unterirdischer Durchgang wurde verlegt darunter die Innenhöfe miteinander verbinden.
Das Museum wurde 2003 wegen Umbauarbeiten geschlossen und sollte bereits 2008 eröffnet werden. Die 10-jährige Arbeitszeit erklärt sich aus der Tatsache, dass titanische Anstrengungen unternommen werden mussten, um unterirdische Ebenen im wassergefüllten Boden von Amsterdam zu errichten Es gab keinen Auftragnehmer für ein so komplexes Projekt. Die Ingenieure von Arcadis haben die neuen unterirdischen Teile des Gebäudes strukturell unabhängig von der historischen Struktur gemacht, da es langsam nachlässt. Daher wurden der Bodenkorridor und die "Ehrengalerie", die sich über dem unterirdischen Durchgang zwischen den Innenhöfen befindet, jetzt in eine darüber hängende "Brücke" verwandelt. Die gegrabenen Gruben wurden sofort mit Wasser gefüllt, so dass sie mit speziellem Beton für Unterwasserarbeiten gegossen wurden, und der Prozess wurde von Tauchern kontrolliert.
Das Budget des Projekts betrug 375 Millionen Euro, beinhaltet aber auch den Bau eines separaten Pavillons für asiatische Kunst in der Mitte des Teiches, die Anpassung des Parks an einen Skulpturengarten durch das Projekt Copijn Landschapsarchitecten (14.500 m2)., der Bau eines Service-Eingangsgebäudes, der Wiederaufbau der historischen Schule für Zeichnung (Teekenschool) als Museumspädagogisches Zentrum sowie der Bau eines Museumswerkstattgebäudes in der Nähe des Rijksmuseums, fusioniert mit einem anderen Kuypers-Gebäude - dem ehemaligen Institut für Arbeitssicherheit und Gesundheitsschutz.
Die Renovierung des Museums ist jedoch noch nicht abgeschlossen: Es blieb für die Dauer des Wiederaufbaus geöffnet
Der Philips-Flügel wird nun in einen modernen temporären Ausstellungsraum umgewandelt. Die Autoren des Projekts sind auch Cruz y Ortiz.
