Das Naturalis Biodiversity Center ist der Erbe des Naturkundemuseums, das 1820 im Auftrag von König Willem I. von den Niederlanden gegründet wurde. Seitdem hat es mehrere Veränderungen erfahren, von denen die wichtigste Anfang der 2010er Jahre stattfand: das Zoologische Museum von die Universität von Amsterdam und das National Herbarium, eines der größten der Welt. Infolgedessen ist ein Bildungs- und Forschungszentrum entstanden, dessen Sammlung (42 Millionen Objekte) eine der fünf größten naturwissenschaftlichen Sammlungen der Welt ist.
Gleichzeitig wuchs die Popularität von "Naturalis" in der Öffentlichkeit nur mit 400.000 Menschen pro Jahr, so dass das 1998 eröffnete Gebäude umgehend erweitert und wieder aufgebaut werden musste. Die Architekten von Neutelings Riedijk haben im Zentrum ein geräumiges Atrium aufgestellt, das die bestehenden Lager- und Verwaltungsräume mit dem neuen Museum und modernen Labors für mehr als 200 Forscher verbindet. Die Gesamtfläche der Einrichtung beträgt 38.000 m2, davon 18.000 m2 für den Wiederaufbau und 20.000 für den Neubau.
Die Fassade des Atriums ist eine konkrete Zierzusammensetzung aus Ovalen und Dreiecken, die an die Struktur von Molekülen erinnert. Das gleiche Muster wird auf die Böden gelegt. Im Inneren ist es mit rotem Travertin verkleidet und mit 263 Betonplatten durchsetzt, die von der Modedesignerin Iris van Herpen entworfen wurden. Der weiße Beton wurde mit der Glätte von Seide versehen, um an die futuristischen van Herpen-Kleider zu erinnern, und die Muster sind von Artikeln aus der Naturalis-Kollektion inspiriert. Die gleiche gestreifte Struktur befindet sich an den Fassaden des Gebäudes.
Zusammen mit den glänzenden Travertinkristallen erwecken die weißen Paneele den Eindruck kontrastierender Gesteinsschichten. Die Ähnlichkeit wird durch den pfadartigen, sich verjüngenden Pfad durch das Atrium verstärkt - von der Ausstellungshalle und den Labors im Erdgeschoss bis zu den Galerien im Obergeschoss.
Das Atrium ist auch mit Werken des Designers Tord Boontje dekoriert. Normalerweise beschäftigt er sich mit Möbeln, Lampen und gemusterten Stoffen, und für Naturalis hat er fast hundert Wandpaneele "über die Wunder der Natur" angefertigt, die Grafik- und Fotomotive kombinieren.
